Dal 2000 ogni anno, il secondo sabato di febbraio, in tutta Italia, migliaia di volontari di Banco Farmaceutico sono presenti nelle oltre 3300 farmacie aderenti, e invitano i cittadini a donare farmaci per gli Enti assistenziali della propria città: è la Giornata Nazionale di Raccolta del Farmaco. Ogni Ente viene convenzionato ad una o più farmacie in cui sono raccolti esclusivamente farmaci senza obbligo di prescrizione.

In 13 anni la Giornata di Raccolta del Farmaco ha raccolto oltre 3.050.000 farmaci, per un controvalore commerciale di circa 20 milioni di euro. L’ultima edizione, che ha avuto luogo il 9 febbraio 2013, ha visto il coinvolgimento di 3.367 farmacie e oltre 12.000 volontari; dei 350.519 farmaci raccolti hanno beneficiato oltre700.000 persone assistite dai 1.506 Enti convenzionati con Banco Farmaceutico.